Es tracta d’una part dels magatzems del museu, amb funció real de magatzem i d’accés restringit al personal tècnic, però visible al públic. Permet observar altres objectes i peces del fons Darder que no formen part de l’exposició permanent.
A l’espai del soterrani s’exposa una magnífica col·lecció que ens permet entendre i recrear com era la visió que al s. XIX i principis del s. XX es tenia de les ciències naturals.