El Museu Arqueològic Comarcal, situat a l’edifici gòtic de la Pia Almoina, conserva els materials paleontològics i arqueològics de la comarca. 

A finals del 2025 el museu va reobrir les seves portes, amb una exposició permanent completament renovada que permet resseguir la història del nostre territori des de fa 45 milions d’anys, quan encara era un mar, fins a l’actualitat. Fa poc més de 200.000 anys, però, un fet va marcar un abans i un després en aquest llarg relat: l’arribada dels primers humans, que a partir d’aleshores van fer del Pla de l’Estany la seva llar. 

Des del Museu Arqueològic es gestionen diferents extenisons: el Parc Neolític de la Draga, la Vil·la Romana de Vilauba i el Monestir de Sant Esteve.