Una de les prioritats del Museu és recolzar i fomentar la recerca arqueològica al Pla de l’Estany. Des del 1975 fins als nostres dies el Museu ha col·laborat, de manera directa o indirecta, en excavacions a les coves de Serinyà (en especial a l’Arbreda, Mollet I i d’en Pau), a la pedrera d’Incarcal o a la bòbila romana d’Ermedàs, entre molts altres jaciments.

Actualment el Museu és la institució avaladora de dos dels principals projectes de recerca arqueològica a Catalunya, centrats en els jaciments de la Draga (Banyoles) i Vilauba (Camós) respectivament:

· “L’ocupació de la conca lacustre de Banyoles a la prehistòria recent. Dinàmiques de poblament a l’aire lliure, explotació del paisatge i canvis ambientals” 2026-2029, amb col·laboració amb la UAB, el MAC i el CSIC-IMF. IP: Xavier Terradas ii Jordi Revelles.

· “Poblament i paisatge a la conca lacustre de Banyoles durant l’antiguitat: uillae rusticae i uici” 2026-2029, amb col·laboració amb el GRAPE i la UdG. IP: Joan Frigola i Joaquim Tremoleda.

Al llarg de l’any, nombrosos investigadors de diversos països (Catalunya, Espanya, França, Suïssa, Alemanya, Itàlia...) fan estades al Museu per estudiar peces del seu fons, ja sigui per publicacions de primer nivell, per treballs de màster o doctorat, o en el marc de recerques post-doctorals. El MACB també té en compte a estudiants més joves que facin alguna consulta referent al seu treball final de grau, o estiguin interessats poder fer les pràctiques universitàries al Museu.