El Museu Arqueològic Comarcal de Banyoles (MACB) compta amb una de les col·leccions de paleontologia i arqueologia més importants de Catalunya, gràcies a  l’existència a la comarca de jaciments de primera categoria tant pel que fa a la paleontologia de vertebrats  (Incarcal, a Crespià), al paleolític mitjà i superior (coves de Serinyà), al neolític i edat el bronze  (Poblat Neolític de La Draga a Banyoles, coves sepulcrals de Martís a Esponellà) i al món ibèric i romà  (poblat ibèric, necròpolis i temples paleocristians del Mas Castell de Porqueres; vil·la romanovisigoda de Vilauba a Camós,  forns romans d’Ermedàs a Cornellà el Terri).

Les col·leccions del Museu Arqueològic són formades majoritàriament per material arqueològic però també compta amb material paleontològic, material de ciències naturals, material numismàtic i material sigil·logràfic; objectes artesanals, objectes d’armament i objectes d’ús religiós; i elements arquitectònics, escultòrics i pictòrics.  La major part dels objectes es conserven a les reserves del museu, és a dir als magatzems. I una petita mostra d’aquests, es poden visitar a les sales d’exposició permanent.

El fons està integrat per més de 850.000 objectes inventariats. De tots ells, gairebé 7.000 disposen d’una catalogació individual, és a dir, són considerats aptes per a ser exposats. No obstant això, actualment a les vitrines només s’exhibeixen a l’entorn d’unes 1.500 peces, que són les més singulars i millor conservades de tot el fons. Hi podem trobar des d’esquelets d’animals extingits, com el felí de dents de sabre, fins a peces ibèriques i romanes, tot passant per estris paleolítics i neolítics. El Museu abraça una cronologia que va des dels 48-43 milions d’anys fins el segle XIX, essent un dels més transversals i complets de tot Catalunya.

La gran majoria d’objectes del fons procedeixen de les excavacions arqueològiques i paleontològiques de la comarca que s’han anat dipositant rigorosament als magatzems. També procedeixen de donacions de troballes fortuïtes i antigues col·leccions arqueològiques de particulars, com fou el cas de la col·lecció prehistòrica de Pere Alsius. Algunes de les donacions més singulars que ha rebut el Museu són el conjunt d’armes històriques propietat del tinent de la Guàrdia Civil de Banyoles –incloses dues espases samurai–, cedides inicialment al Museu Darder, o les eines de l’antiga farga de Banyoles. Una part minoritària de la col·lecció té el seu origen en antigues compres fetes durant els anys 40, 50 i 60 del segle XX per part del CECB. Entre aquestes hi destaquen diverses àmfores recuperades per pescadors o un tresor de gairebé 400 denaris romans republicans trobat a Fuente de Cantos (Badajoz).