Una de les formes d’ingrés d’objectes a un museu són les pròpies recol·leccions que aquest realitza. És probable que alguns dels fons del Museu Darder formats per especímens locals de mol·luscs, minerals o fòssils, haguessin estat recol·lectats per persones que col•laboraben amb el Museu, que pensessin que era una forma d’anar engrandint-ne el fons i, a més, anar-hi incorporant objectes procedents de la comarca natural de Banyoles. Malauradament, la manca de documentació impedeix saber exactament qui i quan va aportar aquests objectes. Des de 1990 es van començar a controlar millor tots els ingressos d’objectes al Museu, i ara les recol·leccions consisteixen en:
En la majoria de casos es sol tractar d’insectes que es troben morts o vertebrats atropellats que es troben en bon estat. Els insectes se solen muntar i guardar en capses entomològiques. La resta, o bé es conserven en alcohol o es guarden al congelador del Museu fins a donar-los-hi un ús.
Durant els últims anys, alguns d’aquests s’han dissecat, mentre que d’altres s’han tractat per tal de conservar-ne el crani o tots els ossos. Mentre són al congelador, els animals morts no són registrats, ja que a vegades acaben descartant-se o només se n’utilitzen parts per restauració. Si es preparen, se’ls dóna un número de registre i les seves dades s’incorporen al fitxer d’objectes del Museu. Del total d’exemplars incorporats al fons del Museu mitjançant recol·lecció, a data abril de 2009 n’hi havien 88 ingressats abans de 1991, i per tant de data d’ingrés desconeguda, i 464 ingressats posteriorment.