La recerca comarcal en paleontologia o arqueologia ha estat, des de sempre, una de les raons principals de l’existència del Museu Arqueològic Comarcal de Banyoles. Aquesta línia de prioritat, que comença al segle XIX i continua tot al llarg del segle XX, és el que ha atorgat al museu una certa importància a nivell de Catalunya.
Les excavacions arqueològiques
Igualment, el museu està implicat en les excavacions que s’han fet des de 1975 fins als nostres dies, en diverses etapes, en algunes de les coves de Serinyà, en especial l’Arbreda I, d’en Pau i Mollet-I, a càrrec de diversos equips de la universitat de Girona. El mateix hem de dir respecte a les excavacions paleontològiques de la pedrera d’Incarcal (Crespìà), on des de 1984, en diferents etapes, s’hi han realitzat intervencions sistemàtiques per part de l’Institut de Paleontologia “Miquel Crusafont “ de Sabadell.
Les publicacions científiques
Les publicacions de caire científic o de divulgació sobre aquests jaciments o sobre els materials antics dels fons del museu, són elaborades pels mateixos equips en recerca en cada cas, sempre amb la col·laboració del MACB. En alguns ocasions, és el mateix Ajuntament de Banyoles qui les edita o coedita i en altres apareixen en les revistes o sèries monogràfiques de les institucions de recerca externes que hi donen suport, com la Universitat de Girona, el Centre d’Arqueologia Subaquàtica de Catalunya, l’Institut de Paleontologia de Sabadell, el Centre d’Investigacions Arqueològiques de Girona o el Centre d’Estudis Comarcals de Banyoles.
Val la pena destacar entre les darreres:
Castanyer,P./Tremoleda,J., et alii (1999). La vil.la romana de Vilauba. Un exemple de l'ocupació i explotació romana del territori a la comarca del Pla de l'Estany, Ajuntament de Banyoles.
Burch,J./Nolla, JM./Sagrera, J. /Vivó,D./Sureda,M. (1999). Els temples i els cementiris antics i altmedievals de mas Castell de Porqueres. Quaderns del CECB, Banyoles.
Bosch, A./Chinchilla,J./Tarrús,J. et alii (2000). El poblat lacustre neolític de la Draga. Excavacions de 1990-1998. Rev. Monografies del CASC, 2, Girona.
Galobart, A./Maroto/J. (2003). Los yacimientos paleontológicos de Incarcal (Crespià). Rev. Paleontologia i Evolució, 34, Sabadell .
Bosch, A./Chinchilla,J./Tarrús,J. et alii (2006). Els objectes de fusta del poblat neolític de la Draga. Campanyes de 1995-2005, Monografies del Casc, 6, Girona.
Castanyer, P./Tremoleda, J. (2007). Vilauba. Descobrim una vil·la romana, edita Fundació Caixa de Catalunya, Banyoles.