Una de les prioritats del Museu és recolzar i fomentar la recerca arqueològica al Pla de l’Estany. Des del 1975 fins als nostres dies el Museu ha col·laborat, de manera directa o indirecta, en excavacions a les coves de Serinyà (en especial a l’Arbreda, Mollet I i d’en Pau), a la pedrera d’Incarcal o a la bòbila romana d’Ermedàs, entre molts altres jaciments.

Actualment el Museu és la institució avaladora de dos dels principals projectes de recerca arqueològica a Catalunya, centrats en els jaciments de la Draga (Banyoles) i Vilauba (Camós) respectivament:

· “La Draga (Banyoles) i el procés de neolitització en la plana prelitoral i Prepirineu de comarques de Girona”, amb col·laboració amb la UAB, el MAC i el CSIC-IMF. IP: Antoni Palomo.

· “Dinàmica del poblament rural: arquitectura, economia i paisatge de les villae a l’àrea del Pla de l’Estany – Garrotxa entre els segles II-I aC i els segles VII-VIII dC”, amb col·laboració amb el GRAPE i la UdG. IP: Joaquim Tremoleda.

Al llarg de l’any, nombrosos investigadors de diversos països (Catalunya, Espanya, França, Suïssa, Alemanya, Itàlia...) fan estades al Museu per estudiar peces del seu fons, ja sigui per publicacions de primer nivell, per treballs de màster o doctorat, o en el marc de recerques post-doctorals. El MACB també té en compte a estudiants més joves que facin alguna consulta referent al seu treball final de grau, o estiguin interessats poder fer les pràctiques universitàries al Museu.