El museu, situat a l’edifici gòtic de la Pia Almoina, acull les col·leccions procedents dels jaciments arqueològics de la comarca del Pla de l’Estany. La seva visita ens permet fer un repàs a la història de la comarca des de les èpoques més remotes fins a l’edat mitjana.
A les sales de paleontologia i prehistòria s’hi exposen restes fòssils dels grans animals del terciari i d’inicis del quaternari, la mandíbula de Banyoles, les col·leccions d’indústria i fauna de les Coves de Serinyà, i les peces del poblat neolític de La Draga. A les sales d’Història s’hi poden veure materials d’època ibèrica, romana i medieval.