El Terri és el riu que porta les aigües de l’Estany de Banyoles cap al riu Ter. De fet la major part del cabal del riu prové de l’Estany de Banyoles, i és que el riu Terri neix a partir de la unió de la riera Canaleta amb el rec Major de Banyoles i va recollint progressivament  totes les aigües dels cinc recs que desguassen l’Estany. El riu Terri des de sempre ha estat molt castigat per la contaminació per aigües residuals i la qualitat de les seves aigües sempre ha estat en entredit. En el seu tram mig actualment és on les aigües del riu assoleixen els valors més elevats de qualitat, segons els índexs biològics, just a la zona del Molí de Borgonyà, on les constants aigües del riu Terri s'ajuntem amb les aigües procedents de la riera Matamors molt rica en brolladors i fonts que donen una qualitat acceptable a l'aigua. Aigües avall d’aquesta zona el riu Terri rep les aigües del Garrumbert empitjorant sensiblement la seva qualitat i aigües amunt les aigües fan via cap a la Depuradora de Sords.

Històricament s’han descrit dos molins a la zona de Borgonyà al costat del riu Terri. Un havia estat una Farga, i també s’ha recollit que posteriorment aprofitant l’aigua del Terri es va posar en funcionament una fàbrica de paper i després de teixit.

L’entorn del Molí de Borgonyà és un espai fluvial on es barregen les aigües del riu Terri i les del Matamors, on hi trobem el Molí de Borgonyà, al costat d’un saltant d’aigua i d’una gorga. La qualitat de l'aigua ha permès el manteniment de poblacions abundants i diverses de barbs, bagres i anguiles, aquestes últimes procedents de repoblacions. Aquestes espècies autòctones de peixos són les que habitaven les aigües de l'Estany de Banyoles i els recs que en surten. Riu avall hi ha alguns fragment importants de bosc de ribera, i tot plegat fa que la zona s’hi hagin observat espècies com la llúdriga, el martinet de niu o el blauet.