L’Estanyol del Vilar és el més gran dels estanyols situats a l’entorn de l’Estany de Banyoles. Està situat just al sud al límit amb el municipi veí de Porqueres, entre l’Estany i la carretera de circumval·lació i està connectat amb l’Estany mitjançant un canal artificial. La seva forma de “8” ens delata que està format en realitat per dos enfonsaments càrstics units, amb una profunditat aproximada màxima de 20 metres.

Un dels secrets més bonics dels estanyols és cada un té unes característiques peculiars. L’estanyol del Vilar ens permet comparar la coloració de l’aigua de l’estanyol, d’un verd fosc intens, i la de l’Estany, més transparent i sovint blau clar ( o el color del cel segons la incidència de la llum). La raó és la diferència en la quantitat de fitoplàncton (algues microscòpiques unicel·lulars) i pel fet que a l’estanyol del Vilar hi ha molts més nutrients que a l’Estany de Banyoles.  Quan es diu que l’estanyol del Vilar és eutròfic, vol dir que hi ha molts nutrients acumulats, l’aigua circula poc, i això provoca un gran creixement d’algues que tenyeixen l’aigua de color verd fosc. Una eutròfia en excés és negativa ja que provoca episodis de manca d’oxigen a les aigües, i de fet a l’estiu la capa d’aigua amb oxigen (on poden viure els peixos) a l’estanyol del Vilar és molt reduïda.

La causa de l’eutròfia de l’estanyol del Vilar es troba en el fet que durant molt de temps es van abocar aigües residuals d’una casa veïna. Això afegit a que l’entrada d’aigua subterrània és molt reduïda, fa difícil la renovació de l’aigua. Als anys 90 es van provar diversos experiments amb la col·laboració del Laboratori de Limnologia per a millorar la qualitat de l’aigua i el sediment. El 1987 es van instal·lar a la cubeta sud dos limno-corrals o tubs de lund que permeten disposar volums experimentals d’aigua. Encara ara es fan estudis sobre els sediments i els bacteris de l’estanyol, i cal dir que en algunes èpoques de l’any s’hi forma una capa groc- blanquinosa de sofre a la superfície de l’aigua.

Un altre aspecte de l’estanyol del Vilar és que cada 15 d’agost, per les Festes Majors de Banyoles, es fa un tradicional concurs de pesca. Gairebé cada dia es poden veure persones pescant en aquest plàcid estanyol, entremig dels canyissos i al costat del paratge dels desmais. La pesca es fa de forma controlada mitjançant un vedat de pesca i intentant no tallar massa els canyissos per no malmetre l’entorn de l’estanyol.

Les dades de l’estanyol
Longitud: 170 m.
Amplada: 81 m.
Diàmetre: 175 m.
Volum: 53.832 m2
Superfície: 12.435 m2
Perímetre: 700 m.
Fondària: Entre 8 i 10 m mentre que la potència de sediment en suspensió és al menys de 50 m.