La nostra societat i els espais naturals del nostre entorn pateixen problemàtiques ambientals relacionades tant amb la destrucció i la pèrdua de biodiversitat, com amb l’esgotament de recursos naturals i la contaminació de l’entorn. El Museu esdevé indirectament una font de recursos i d’oportunitats per difondre l’impacte de les problemàtiques ambientals sobre l’entorn i la societat i per també exposar-se les alternatives o solucions necessàries per a la seva compensació.

Les principals amenaces ambientals estan relacionades amb el canvi climàtic i la pèrdua d’hàbitats naturals, cal també fer una gran feina didàctica per reduir els efectes negatius de les activitats humanes a la natura. Hi ha activitats industrials, urbanístiques o agrícoles que cal adaptar a un nou model social i cultural per fer-les més sostenibles, i hi ha activitats com les recreatives o lúdiques que necessiten d’una ordenació i de l’educació de les persones en el respecte i la comprensió. Noves amenaces i problemàtiques ambientals poden estar relacionades amb aspectes concrets com la introducció d’espècies exòtiques, en la recollida i gestió dels residus i les aigües residuals urbanes, o en la gestió dels recursos naturals com l’aigua.