La diversitat d’ambients humits que hi ha a l'espai, la situació entre dues regions biogeogràfiques i amb una gran xarxa hidrològica la converteixen en un territori d’un gran interès pel que fa al grup dels amfibis. Així, s’han detectat 11 espècies, 3 d’urodels i 8 d’anurs. Destaca la importància per aquest grup de la Platja o Clot d'Espolla un punt vital per a la conservació de les poblacions d'amfibis a la comarca.

La granota verda (Pelophylax perezi) és l’espècie més abundant originàriament a l’Estany de Banyoles, i també la més present als rius i rieres de l’espai. El gripau pintat (Discoglossus pictus), una espècie introduïda, ha ocupat gran part de l’àrea de distribució, i s’ha convertit també en una de les espècies més abundants. De la resta d’espècies, la majoria es poden localitzar a tota la comarca, tot i que, algunes presenten preferències per determinats hàbitats. En zones de més alçada les densitats són més elevades en espècies com el gripau comú (Bufo bufo), i la salamandra (Salamandra salamandra); i en zones més planes i ambients oberts apareixen com a més abundants el gripau corredor (Bufo calamita) o el gripau d'esperons (Pelobates cultripes). També es pot trobar el gripau puntejat (Pelodytes punctatus), el tòtil (Alytes obstetricans), la regina o reineta (Hyla meridionalis), el tritó marbrat (Triturus marmoratus) i el tritó palmat (Lissotriton helveticus). Algunes d’aquestes espècies s’han fet més escasses a zones com l’Estany de Banyoles on abans eren més abundants, com els tritons o la granota verda. Els amfibis han patit molt els efectes de la pèrdua de zones humides, l'assecament d'aiguamolls, la contaminació i la urbanització de la riba i dels recs de l’entorn de l’estany. Un altre aspecte molt negatiu per la conservació dels amfibis ha estat la introducció d'espècies de peixos depredadors, especialment el black bass i del cranc de riu americà que afecta a les seves postes. L’estat de les basses, estanyols, fonts, surgències i torrenteres són vitals per a la conservació dels amfibis.

A l’estany d’Espolla s’ha citat en diferents èpoques la reproducció d’11 de les 12 espècies localitzades a la comarca. En els últims anys, però algunes de les espècies no s’han tornat a localitzar i es desconeix l’estat d’algunes d’elles. Les espècies més habituals com a reproductores a l’espai durant els últims anys són el gripau puntejat, el gripau d’esperons, el gripau puntejat, gripau corredor, la reineta i el tritó verd. És un punt vital per a la conservació dels amfibis, així com ho seria garantir la connectivitat de tots els espais lacustres i fluvials.

Pel que fa als rèptils s'hi ha catalogat 18 espècies, pràcticament totes de marcada afinitat mediterrània, i una d’introduïda. Podem trobar les dues espècies de tortugues d’aigua dolça autòctones de Catalunya (Emys orbicularis i Mauremys leprosa), però també la introduïda tortuga de Florida (Trachemys scripta) cosa que suposa una amenaça per a les anteriors. La tortuga d'estany (Emys orbicularis) podria estar en vies d’extinció, tot i que hi ha alguna observació recent. En canvi, la tortuga de rierol (Mauremys leprosa) podria encara estar present de forma habitual a l’estany de Banyoles i al riu Fluvià.

A dins les ciutats podem trobar el dragó comú (Tarentola mauritanica). El sargantaner comú (Psammodromus algirus), és una espècie que podria trobar-se arreu, però que especialment s’ha trobat a zones de l’entorn del Fluvià, a l’entorn de l’Estany i a Pujarnol. El lluert (Lacerta bilineata) té tendència a ocupar les zones més muntanyenques del sud-est, i en canvi el llangardaix comú (Timon lepidus) és més abundant en ambients mediterranis, pel que aparentment seria més abundant.

La serp verda (Malpolon monspessulanus) és la més abundant de totes a la comarca, la serp blanca (Rhinechis scalaris) i la serp bordelesa (Coronella girondica) prefereixen zones més planes, tot i que són presents arreu, igualment com el vidriol (Anguis fragilis), molt sovint associat i habitual de zones humides i ombrívoles, fins i tot periurbanes. La serp d’esculapi (Zamenis longissimus) ha estat observada recentment a l’entorn de l’Estany de Banyoles, quan és més pròpia del sector de ponent. En ambients aquàtics es poden trobar les dues serps d'aigua (Natrix natrix i N. maura), presents a totes les zones humides, a l’Estany i als rius Ser i Fluvià, on semblaria que la serp d’aigua (Natrix natrix) és més abundant que la serp escurçonera d’aigua (N. maura).

Els ocells és el grup d’animals probablement més conegut, tot i que moltes de les seves dades es basen en el seguiment només dels ambients lacustres. De les més de 200 espècies citades a la zona, es pot considerar que unes 82 són nidificants segures o probables a l’espai i 10 nidificants possibles. La resta són espècies observades durant la seva hivernada o migració. L'existència de zones humides extenses com l'estany de Banyoles i els seus canyissars, o el riu Fluvià, així com d'altres estanyols de la conca de Banyoles-Sant Miquel de Campmajor i la varietat d'hàbitats terrestres (boscos; camps ermats i de conreu; arbredes i bardisses; pobles i viles; penyes i rocams), contribueixen a tan elevada riquesa d'ocells nidificants, migradors i hivernants.

Les espècies aquàtiques troben a l'Estany de Banyoles i al riu Fluvià zones ideals per nidificar, reposar o passar l’hivern. Tant l'estany de Banyoles, i els seus estanyols, com el riu Fluvià, representen un enclavament interior vital per a la migració i hivernada d'espècies d'ocells aquàtics. De les espècies nidificants es pot destacar el martinet menut (Ixobrychus minutus), el martinet de nit (Nyctocorax nyctocorax), el balquer (Acrocephalus arundinaceus), la fotja (Fulica atra) i la cigonya blanca (Ciconia ciconia) amb algunes poques parelles, amb més o menys èxit segons l’any. Altres espècies que nidifiquen de forma habitual a les zones humides, estany, estanyols i rius, són la polla d'aigua (Gallinula chloropus), la boscarla de canyar (Acrocephalus scirpaceus), el rascló (Rallus aquaticus), el cabusset (Tachybaptus ruficollis) i l’ànec collverd (Anas platyrhynchos). Altres espècies habituals són el blauet (Alcedo atthis), més habitual dels cursos fluvials, o els abellerols (Merops apiaster) dels quals es coneixen colònies a Sant Miquel de Campmajor, Camós i al Fluvià.

Una altra dada a destacar és la importància de l'Estany de Banyoles i d’Espolla, quan està ple d’aigua, i el riu Fluvià per a la migració d'espècies aquàtiques. Multitud d'ocells d'aiguamolls i de zones humides utilitzen l'Estany com a lloc de repòs i alimentació durant els seus viatges migratoris. Pel que fa a espècies hivernants, són molt habituals espècies com el bernat pescaire (Ardea cinerea), abundant arreu, el corb marí gros (Phalacrocorax carbo), que forma dormidors a l’Illa del Fluvià de cent exemplars, el martinet blanc (Egretta garzetta), més escàs, els becadells (Gallinago gallinago), el cabussó emplomallat (Podiceps cristatus)...

Les masses forestals presenten les espècies habituals com el pit-roig (Erithacus rubecula), la merla (Turdus merula), el tudó (Columba palumbus), el pinsà (Fringuilla coelebs), les mallarengues carbonera (Parus major), emplomallada (P.cristatus), blava (P. caeruleus), petita (P. ater), el tord (Turdus philomelos), el bruel (Regulus ignicapillus), el mosquiter (Phylloscopus collybita i P. bonelli), el cargolet (Troglodytes troglodytes), la bosqueta (Hippolais polyglotta), els tallarols (Sylvia sp.), el rossinyol (Luscinia megarhynchos), el gaig (Garrulus glandarius) i el raspinell (Certhia brachydactyla), entre molts altres. En zones elevades de la Serra de Portelles s’hi observa tot l’any el pica-soques blau (Sitta europaea) i el pinsà borroner (Pyrrhula pyrrhula) els dos possibles nidificants, i al voltant del Fluvià han criat el pardal roquer (Petronia petronia) i la mallarenga d’aigua (Parus palustris).

Tallarol de casquet (Sylvia atricapilla)  Seguint el bosc de ribera dels ambients fluvials i dels estanyols es pot trobar el picot verd (Picus viridis), el picot garser gros (Dendrocopos major), el petit (D. minor), la puput (Upupa epops), l'oriol (Oriolus oriolus) i el rossinyol bord (Cettia cetti). Algunes d’aquestes espècies desenvolupen tota la seva activitat dintre els boscos mentre d’altres els utilitzen com a refugi quan no s’alimenten als espais oberts circumdants, com seria el cas del milà negre (Milvus migrans) nidificant al Fluvià.

Altres espècies interessants serien els rapinyaires nocturns com l’òliba (Tyto alba) que nidifica o utilitza com a posadors habituals les esglésies i edificis vells, a més del gamarús (Strix aluco), present arreu, l’enganyapastors (Caprimulgus europaeus), el xot (Otus scops)  i el mussol (Athene noctua), habitual a les zones agrícoles i conreades. També fer menció de la presència del duc (Bubo bubo) a l’entorn del Fluvià i a Rocacorba.

Els ambients forestals del municipi permeten la nidificació de gran part dels rapinyaires forestals habituals a la comarca, com l’esparver (Accipiter nisus), l’àguila marcenca (Circaetus gallicus), l’aligot (Buteo buteo) i el xoriguer (Falco tinnunculus). Una zona molt interessant per a la reproducció i alimentació de rapinyaires és la Serra de Portelles, i concretament els cingles de Rocacorba on hi nidifiquen el falcó peregrí (Falco peregrinus) i el falcó mostatxut (Falco subbuteo), les dues espècies també presents a altres zones, i també s’observa l'àguila calçada (Hieraaetus pennatus).

A les zones agrícoles hi ha espècies nidificants com el torlit (Burhinus oedicnemus), amb poques parelles al Pla de Martís i a Falgons, la cogullada (Galerida cristata), l’alosa (Alauda arvensis), el cruixidell (Emberiza calandria), el trist (Cisticola juncidis), la guatlla (Coturnix coturnix), la perdiu (Alectoris rufa), la cuereta blanca (Motacilla alba), el bitxac comú (Saxicola torquata), el gratapalles (Emberiza cirlus), i a l’hivern s’hi passegen estols importants de passerells (Carduelis cannabina), gafarrons (Serinus serinus), caderneres (Carduelis carduelis), verdums (Carduelis chloris) i pinsans comuns (Fringuilla coelebs), i cornelles (Corvus corone corone). La presència de pastures i prats d’algunes valls, conjuntament amb camps treballats crea una diversitat molt interessant per a aquestes espècies.

Els coneixements recollits sobre els mamífers en els pocs treballs realitzats a l’espai indiquen una bona diversitat i abundància d'espècies, fins a 36, tot i que es fa difícil amb la informació de què es disposa arribar a establir per a aquestes espècies graus d’abundància i la distribució real que ocupen.

Dins l’ordre dels insectívors i pel que fa als eriçons, l’espècie present és l’eriçó comú (Erinaceus europaeus), molt abundant arreu, i dels tàlpids és el taup (Talpa europaea) l’únic representant, el qual es troba en baixes densitats a les àrees de més alçada, com Pujarnol o la vall de Campmajor. Entre les musaranyes, hom troba la comuna (Crocidura russula) i la nana (Suncus etruscus), aquesta última més habitual en zones baixes i a l’entorn dels estanyols.

Els quiròpters són un grup recentment estudiat a la zona, i es tenen dades interessants d’algunes de les espècies. S’ha descrit varies espècies: la rata penada petita de ferradura (Rhinolophus hipposideros), la rata penada gran de ferradura (Rhinolophus ferrum-equinum), la rata penada vulgar (Pipistrellus pipistrellus), la rata penada cavernícola (Miniopterus schrebersii), el ratpenat dels graners (Eptesicus serotinus), la ratapenada nòctula (Nyctalus noctula) i la ratapenada orelluda (Plecotus auritus). Aquestes espècies s'alimenten dels insectes tot sobrevolant les zones humides, l’estany de Banyoles, i el riu Fluvià on poden habitar diverses coves properes al riu. Destaca per sobre de tot la troballa d’una colònia nidificant al Fluvià del ratpenat de peus grans (Myotus capaccinii) i la presència per les altres masses d’aigua de la comarca del rat penat d’aigua (Myotys daubentonii). Ratpenat (pipistrellus pygmaeus) a l'Estany de Banyoles. 

Entre els lagomorfs hi ha el conill (Oryctolagus cuniculus), força abundant, i la llebre (Lepus europaeus) molt més escassa, mentre que els rosegadors estan representats per rates i ratolins com ara el ratolí de bosc (Apodemus sylvaticus), la rata negra (Rattus rattus), la rata comuna (R. norvegicus), el ratolí domèstic (Mus domesticus) i el ratolí mediterrani (Mus spretus), així com per talpons com el talpó roig (Clethrionomys glareolus), el talpó comú (Microtus duodecimcostatus) i el talpó muntanyenc (M. agrestis). Cal destacar el rat-buf (Arvicola sapidus) d’ambients aquàtics, que sovint és confós amb les rates (Rattus sp.), més pròpies d'ambients urbans, i que cada cop és més difícil de trobar, especialment a l’estany, d’on sembla extingit. Els ambients forestals són bon lloc per a esquirols (Sciurus vulgaris), les poblacions del qual s’han recuperat fins a ser molt abundants en les àrees repoblades de pins.

Entre els carnívors hom troba la mostela (Mustela nivalis), el turó (Mustela putorius), sembla que desaparegut, abans localitzat a l’entorn de la vall del Fluvià, la fagina o gorjablanc (Martes foina), el teixó (Meles meles), el gat mesquer (Genetta genetta), la guineu (Vulpes vulpes) i el senglar (Sus scrofa), aquests últims abundants arreu. Malauradament també hi és abundant l'introduït visó americà (Mustela vison), que ha arribat a criar al riu Ser, i molt comú al Fluvià i a l’Estany de Banyoles.

Dues espècies de mamífers mantenen bones poblacions fruit de les reintroduccions. D’aquesta manera a l’espai hi ha la presència destacada d'espècies emblemàtiques i protegides com la llúdriga (Lutra lutra), amb una saludable població al riu Ser i al riu Fluvià resultat de l'alliberament d'alguns exemplars al mateix riu i al riu Fluvià dins del Projecte llúdriga del Parc Natural dels Aiguamolls de l'Empordà, i individus presents esporàdicament a l’Estany de Banyoles i el riu Terri. Finalment destacar que les muntanyes de la vall de Sant Miquel han acollit amb bona acceptació l'arribada de cabirols (Capreolus capreolus), una espècie en expansió, procedent de les introduccions d'exemplars a la Garrotxa, i que ja s’han vist en zones properes a l’Estany de Banyoles i el Matamors.