L’origen llunyà d’aquestes col·leccions el podem anar a buscar en els treballs pioners de Pere Alsius i Torrent  a la cova de la Bora Gran d’en Carreras de Serinyà, a finals el segle XIX, amb restes materials de la cultura Magdaleniana (15.000-9.000 aC) del paleolític superior.  El segon moment important el protagonitzarà el metge Josep M. Corominas i Planellas, que excavarà les coves de Serinyà (Bora Gran d’en Carreras, Reclau Viver, d’en Pau, Mollet-I, Arbreda) i les coves sepulcrals de Martís  (Mariver i Encantades) entre els anys trenta i els setanta del segle XX.

A partir de l’any 1975 fins als nostres dies, diversos equips d’arqueòlegs o paleontòlegs de la Universitat de Girona, de l’Institut de Paleontologia de Sabadell i del mateix Museu Arqueològic Comarcal de Banyoles, han realitzat també aportacions de gran importància en excavar jaciments clau  de la comarca com Incarcal, Arbreda, Mollet-I,  Draga, Mas Castell de Porqueres, Vilauba, Ermedàs i castell d’Espasens (Fontcoberta). Cal remarcar que, des de l’any 1962, el MACB és el lloc de destí oficial dels materials eixits a les excavacions arqueològiques i paleontològiques del Pla de l’Estany, situació refrendada per la Generalitat de Catalunya, el 1982.