El museu clou el seu discurs amb un conjunt d’espais que ens traslladen des del sorgiment de la cultura ibèrica fins a l’edat mitjana, a través de jaciments emblemàtics del territori com el poblat de Mas Castell de Porqueres, els sitjars de Vilademuls, la vil·la romana i l’assentament tardoantic de Vilauba, la bòbila romana d’Ermedàs, el monestir benedictí de Sant Esteve de Banyoles o el castell d’Espasens. Un recorregut que permet entendre les bases del nostre territori tal com avui el coneixem, a través de peces, audiovisuals i una maqueta projectada.