Actuament, el MACB disposa de tres sales per a l’exposició permanent : la sala de Paleontologia, la de Prehistòria i la d’Història, encara que les dues darreres estan subdividides en períodes diferents. Totes elles han estan darrerament remodelades i compten amb una museografia senzilla que pretén difondre els principals jaciments del Pla de l’Estany, tot emmarcant-los en el marc històric general de l’Europa occidental. El recorregut s’inicia al Terciari superior ( fa 5 milions d’anys)  i arriba fins al segle XVIII dC.